По-перше, мандарини слід з великою обережністю давати дітям. Небезпека полягає в яскраво виражені алергенні властивості фрукта. По-друге, виключити мандарини з раціону рекомендується людям, що страждають виразковою хворобою шлунка і дванадцятипалої кишки, а також гастритом з підвищеною кислотністю шлункового соку.
Шкірка мандаринів також не завжди безпечна. З-за високого вмісту ефірних олій вона протипоказана при багатьох хворобах печінки, нирок, підшлункової залози, жовчовивідних шляхів.
При цьому, шкірки мандаринів не можна споживати з-за хімікатів, які використовують для захисту рослин від шкідників і хвороб. Тому ні їсти її, ні готувати з неї варення не рекомендується.