Чорновіл загинув в автомобільній катастрофі 25 березня 1999 року. Автомобіль, у якому лідер Руху повертався з Кіровограда, на великій швидкості врізався у вантажівку з причепом, який розвертався.
У цій автокатастрофі загинув також водій Чорновола Євген Павлов. Прес-секретар лідера НРУ Дмитро Понамарчук був госпіталізований з важкими травмами. Чоловік, який знаходився за кермом вантажівки, у ДТП серйозних травм не отримав. Однак через деякий час він помер, за офіційною версією, внаслідок інфаркту. Однак низка ЗМІ поширили інформацію, що причиною його смерті могло стати навмисне отруєння.
Ряд політиків заявили про можливість того, що вантажівка на нічній трасі з'явилася не випадково. Слідство встановило, що причиною загибелі В. Чорновола став нещасний випадок, проте з часом розслідування справи було відновлено.
Згодом Генпрокуратура повністю реабілітувала водія В'ячеслава Чорновола Є. Павлова, якого звинувачували у порушенні правил дорожнього руху, що спричинили смерть В. Чорновола.
Обставини ДТП, в якому загинув В. Чорновіл, досі розслідуються Генеральною прокуратурою України.
