15 квітня 1865 р. Він помер від ран, отриманих під час замаху на нього.
14 квітня 1865 р. прихильник жителів півдня Джон Вілкс Бут увійшов в президентську ложу театру Форда у Вашингтоні і зі словами Sic semper tyrannis! (Так надходять з тиранами) вистрілив Лінкольну в голову. Бут був актором у цьому театрі і добре знав, що йде в той вечір виставу «Наш американський кузен». Він вибрав у ньому саму смішну сцену, коли весь зал сміється в надії, що звук пострілу не почують.
Після замаху Бут зумів вибратися з театру, користуючись загальним замішанням. 26 квітня його знайдуть поліцейські і Бут буде убитий під час облоги комори, де він ховався.
Влітку публічно повісять чотирьох його спільників.
До траурному поїзда з труною Лінкольна, що прямував два тижні з Вашингтона у Спрінгфілд, прийшли в ті дні сотні тисяч (писали про мільйон) американців. Церемонія прощання з ним стала однією з наймасовіших в історії країни.