У 1989 році депортація була визнана Верховною Радою СРСР незаконною і злочинною. 12 листопада 2015 Верховна Рада України визнала депортацію з Криму 1944 року геноцидом кримців і проголосила 18 травня Днем пам'яті жертв геноциду кримськотатарського народу.
Незважаючи на те, що представники кримськотатарського народу воювали в лавах Червоної Армії і навіть брали участь у партизанському русі, підставою для депортації стало звинувачення у співпраці з Третім Рейхом. В постанові Державного комітету оборони СРСР № ГОКО-5859 від 11 травня 1944 про виселення кримчан було відзначено, що депортації проводять з наступної причини:
«У період Вітчизняної війни багато кримських татар зрадили Батьківщину, дезертирували з частин Червоної Армії, обороняющих Крим, і переходили на бік супротивника, вступаючи у сформовані німцями добровольчі татарські військові частини, які боролися проти Червоної Армії; в період окупації Криму німецько-фашистськими військами, беручи участь в німецьких каральних загонах, кримські татари особливо відзначилися своїми звірячими розправами по відношенню до радянських партизанів, а також допомагали німецьким окупантам у справі організації насильницького викрадення радянських громадян в німецьке рабство і масового винищення радянських людей».
Кримські татари, які воювали в частинах Червоної Армії, після демобілізації також були піддані депортації. Відомі винятки, коли окремих офіцерів з числа кримчан не було вислано до місця депортації як спецпереселенців, однак їм було заборонено жити в Криму. Всього за 1945-1946 роки в місця депортації було заслано 8995 кримських татар-ветеранів війни, в тому числі 524 офіцера і 1392 сержанта. У 1952 році (після голоду 1945 року) тільки в Узбекистані налічувалося, за даними НКВС, 6057 учасників війни, багато з яких мали високі урядові нагороди.
Операція з депортації почалася рано вранці 18 травня 1944 року і закінчився о 16:00 20 травня. Для її проведення були задіяні війська НКВС чисельністю понад 32 000 чоловік. Депортованим відводили від декількох хвилин до півгодини на збори, після чого їх на вантажівках транспортували до залізничних станцій. Звідти ешелони з ними відправляли в посилання. За спогадами очевидців, тих, хто чинив опір або не міг йти, часто розстрілювали на місці. В дорозі засланців годували рідко і часто солоною їжею, після якої хотілося пити. У деяких ешелонах засланці отримали їжу перший і останній раз на другий тиждень шляху. Померлих ховали наспіх поруч із залізничним полотном або не ховали взагалі.
Деякий час після виселення кримських татар серед решти населення були поширені панічні настрої. Багато хто боявся, що незабаром депортують і всіх інших. Особливо посилилися ці настрої після депортації в червні 1944 року кримських вірмен, болгар і греків.
Після депортації кримських татар у Криму двома указами від 1945 і 1948 років було перейменовано всі (за винятком Бахчисарая, Джанкоя, Ишуни, Сак і Судака) поселення, назви яких мали кримськотатарське походження (понад 80% від загальної чисельності поселень Криму).
Щорічно 18 травня у світі відзначають пам'ять жертв депортації кримчан. В Україні з 2014 року цей день офіційно відзначають День боротьби за права кримськотатарського народу, а з 2016 року – День пам'яті жертв геноциду кримськотатарського народу.
