Раніше ця компанія наймала на високопоставлені посади фахівців зі США та Європи, готувалася до IPO з американською інвестиційною фірмою General Atlantic. Коли в 2007 р. японський партнер "Лабораторії" вирішив використовувати в рекламі інформацію про роботу Євгена Касперського в КДБ, цю рекламну кампанію швидко згорнули на вимогу головного офісу. Різка зміна курсу почалася в 2012 р.
Компанію відтоді залишили багато менеджерів високого рівня, а їхні посади часто діставалися людям, тісно пов'язаним з військовими або розвідслужбами.
«Деякі з цих нових менеджерів активно допомагають ФСБ розслідувати справи і при цьому використовують дані окремих клієнтів компанії з 400 млн користувачів, які встановили ПО "Лабораторії Касперського". Зв'язок з розвідкою починається з найвищого рівня: Євген Касперський якщо не в роз'їздах, то раз на тиждень ходить до сауни в компанії з п'яти-десяти осіб. До цієї групи зазвичай входять посадові особи російських розвідслужб».
Касперський заявив, що ці зустрічі влаштовують виключно для спілкування: "Коли я ходжу до лазні, вони тільки друзі". Він також запевнив, що співробітники урядових структур не можуть дізнатися з даних його компанії про конкретних користувачів. Крім цього, він не стикався в нинішніх умовах з посиленням тиску і необхідністю висловлювати лояльність президенту Володимиру Путіну. «Я не той, з ким правильно обговорювати російські реалії, я живу в кіберпросторі», - пояснив він.
Ключовою фігурою для співпраці компанії з російським урядом називають заступника гендиректора з юридичних питань та безпеки Ігоря Чекунова. З 2013 р він керує групою з десяти фахівців, які вивчають дані клієнтів, що зазнали хакерських атак, і надають техпідтримку ФСБ та іншим російським структурам. Цій групі фахівців доступні дані будь-якої системи компанії. Керуючий директор компанії в Північній Америці Крістофер Доггетт запевняє, що йдеться про анонімізовані дані. Однак два джерела, знайомі з цією технологією, кажуть, що технологію можна налаштувати для збору ідентифікаційної інформації з окремих комп'ютерів і що таке використовувала ФСБ для розслідувань.
